Assassin’s Creed II разворачивается в эпоху итальянского Ренессанса и сочетает историческую фантазию с конфликтом между Assassins и Templars. Сюжет следует за Desmond Miles, который с помощью Animus переживает воспоминания своего предка Ezio Auditore da Firenze, чтобы раскрыть тайны и предотвратить будущую катастрофу. В истории Ezio он сначала беззаботный дворянин, но его жизнь меняется после казни отца и братьев из-за заговора. Стремясь к мести, он становится Assassin и преследует виновных, раскрывая более масштабный план Templars. По пути он встречает Leonardo da Vinci и путешествует по Флоренции и Венеции. Со временем Ezio взрослеет и понимает истинную цель Братства. Кульминация — столкновение с Rodrigo Borgia и раскрытие древних артефактов. История объединяет личную месть и философские темы свободы и контроля.