Assassin’s Creed II se desarrolla en el Renacimiento italiano y combina ficción histórica con el conflicto entre Assassins y Templars. La historia sigue a Desmond Miles, quien revive los recuerdos de su antepasado Ezio Auditore da Firenze mediante el Animus para descubrir secretos y evitar una catástrofe futura. En la línea de Ezio, comienza como un joven noble despreocupado, pero su vida cambia tras la ejecución de su padre y hermanos por una conspiración. Impulsado por la venganza, se convierte en Assassin y persigue a los culpables, descubriendo un plan mayor de los Templars. Durante su viaje, conoce a figuras como Leonardo da Vinci y explora ciudades como Florencia y Venecia. Con el tiempo, Ezio madura y comprende el verdadero propósito de la Hermandad. La historia culmina con un enfrentamiento contra Rodrigo Borgia y secretos antiguos. Combina venganza personal con temas de libertad y control.