Assassin’s Creed II se passa durante o Renascimento italiano e mistura ficção histórica com o conflito entre Assassins e Templars. A história segue Desmond Miles, que revive as memórias de seu ancestral Ezio Auditore da Firenze através do Animus para descobrir segredos e evitar uma catástrofe futura. Na jornada de Ezio, ele começa como um jovem nobre despreocupado, mas sua vida muda quando seu pai e irmãos são executados por uma conspiração. Movido pela vingança, ele se torna um Assassin e persegue os culpados, revelando um plano maior dos Templars. Durante a aventura, encontra figuras como Leonardo da Vinci e visita cidades como Florença e Veneza. Com o tempo, Ezio amadurece e entende o verdadeiro propósito da Irmandade. A história culmina no confronto com Rodrigo Borgia e segredos antigos. Assim, combina vingança pessoal com temas de liberdade e controle.