Rogue Trooperは、有毒な戦場が広がるNu-Earthを舞台に、過酷な環境でも生き延びられる遺伝子改良歩兵（GI）の最後の生き残りであるRogueの物語を描きます。任務中に部隊が裏切られた後、Rogueは戦死した仲間であるGunnar、Bagman、Helmの人格が保存されたバイオチップを回収し、それぞれライフル、バックパック、ヘルメットへ組み込みます。彼らは虐殺の黒幕である謎のTraitor Generalを執拗に追跡する旅へと乗り出します。荒廃した前線や敵の要塞、危険な荒野を進む中で、Rogueは戦場をはるかに超える巨大な陰謀を暴いていきます。仲間への忠誠、復讐、そして彼らの名誉を守るという信念に突き動かされた旅は、終わりなき戦争に支配された世界で正義を追い求める壮大な物語となります。