تدور أحداث Rogue Trooper على ساحات القتال السامة في Nu-Earth، حيث يتبع القصة Rogue، آخر جندي من جنود المشاة المعدلين وراثيًا (GI) القادرين على البقاء في البيئة القاتلة للكوكب. بعد تعرض فرقته للخيانة أثناء إحدى المهام، يستعيد Rogue الشرائح الحيوية التي تحتوي على شخصيات رفاقه الذين سقطوا—Gunnar وBagman وHelm—ويثبتها داخل بندقيته وحقيبته وخوذته. ينطلقون معًا في رحلة لا هوادة فيها لمطاردة Traitor General المسؤول عن المذبحة. ومع تقدمه عبر خطوط الجبهة المدمرة، والحصون المعادية، والأراضي القاحلة الخطرة، يكشف Rogue مؤامرة تمتد إلى ما هو أبعد من ساحة المعركة. وبدافع من الوفاء والانتقام والأمل في تكريم رفاقه، تتحول رحلته إلى قصة مشوقة عن تحقيق العدالة في عالم تلتهمه حرب لا تنتهي.