Se déroulant sur les champs de bataille toxiques de Nu-Earth, Rogue Trooper suit Rogue, le dernier fantassin génétiquement modifié (GI) capable de survivre à l'environnement mortel de la planète. Après que son escouade est trahie lors d'une mission, Rogue récupère les biopuces contenant les personnalités de ses compagnons tombés au combat—Gunnar, Bagman et Helm—et les installe dans son fusil, son sac à dos et son casque. Ensemble, ils se lancent dans une traque implacable du mystérieux Traitor General, responsable du massacre. En traversant des lignes de front dévastées, des forteresses ennemies et des terres désolées dangereuses, Rogue découvre un complot qui dépasse largement le champ de bataille. Guidé par la loyauté, la vengeance et le désir d'honorer ses frères d'armes, son voyage devient une histoire captivante de justice dans un monde consumé par une guerre sans fin.