Ambientado en los tóxicos campos de batalla de Nu-Earth, Rogue Trooper sigue la historia de Rogue, el último soldado de Infantería Genética (GI) capaz de sobrevivir al letal entorno del planeta. Tras la traición sufrida por su escuadrón durante una misión, Rogue recupera los biochips que contienen las personalidades de sus compañeros caídos—Gunnar, Bagman y Helm—y los instala en su rifle, mochila y casco. Juntos emprenden una incansable cacería del misterioso Traitor General, responsable de la masacre. Mientras atraviesa frentes devastados por la guerra, fortalezas enemigas y peligrosos páramos, Rogue descubre una conspiración que va mucho más allá del campo de batalla. Impulsado por la lealtad, la venganza y el deseo de honrar a sus camaradas, su viaje se convierte en una apasionante historia de justicia en un mundo consumido por una guerra interminable.