ज़हरीले युद्धक्षेत्रों वाले Nu-Earth पर आधारित Rogue Trooper की कहानी Rogue का अनुसरण करती है, जो आनुवंशिक रूप से विकसित किए गए पैदल सैनिकों (GI) में अंतिम जीवित सदस्य है और ग्रह के घातक वातावरण में जीवित रह सकता है। एक मिशन के दौरान उसकी टुकड़ी के साथ विश्वासघात होने के बाद, Rogue अपने गिरे हुए साथियों—Gunnar, Bagman और Helm—की व्यक्तित्व-स्मृतियाँ संजोए बायोचिप्स को प्राप्त करता है और उन्हें अपनी राइफल, बैकपैक और हेलमेट में स्थापित करता है। इसके बाद वे सभी मिलकर नरसंहार के जिम्मेदार रहस्यमय Traitor General का लगातार पीछा करते हैं। युद्ध से तबाह मोर्चों, दुश्मन के किलों और खतरनाक बंजर इलाकों से गुजरते हुए Rogue एक ऐसे षड्यंत्र का पर्दाफाश करता है जो युद्धभूमि से कहीं आगे तक फैला है। अपने साथियों के प्रति निष्ठा, प्रतिशोध और उनके सम्मान की भावना से प्रेरित उसकी यात्रा अंतहीन युद्ध से घिरी दुनिया में न्याय की एक रोमांचक कहानी बन जाती है।