Rogue Trooper Redux की कहानी ज़हरीले युद्धक्षेत्र Nu-Earth पर आधारित है, जहाँ Rogue, आखिरी जीवित Genetic Infantryman (GI), इस घातक दुनिया में जीवित रहने के लिए बनाया गया है। अपनी टुकड़ी के एक विनाशकारी मिशन के दौरान विश्वासघात का शिकार होने के बाद, Rogue उस रहस्यमय Traitor General की तलाश में निकल पड़ता है जिसने उसके साथियों का संहार किया था। उसके साथ उसके गिरे हुए साथियों की डिजिटल चेतनाएँ रहती हैं, जो उसकी राइफल, बैकपैक और हेलमेट में सुरक्षित हैं, जबकि वह दुश्मनों, घातक खतरों और विशाल युद्ध मशीनों से भरे उजड़े हुए क्षेत्रों में लड़ाई करता है। जैसे-जैसे उसकी यात्रा आगे बढ़ती है, Rogue एक ऐसे षड्यंत्र का पर्दाफाश करता है जो युद्धभूमि से कहीं अधिक गहरा है और उसे निष्ठा, बलिदान और न्याय के कठिन सच का सामना कराता है। अपने साथियों की स्मृति का सम्मान करने के लिए दृढ़ संकल्पित, वह हर बाधा को पार करते हुए बदला लेने और विश्वासघात के पीछे की सच्चाई उजागर करने की राह पर आगे बढ़ता है।

ज़हरीले युद्धक्षेत्रों वाले Nu-Earth पर आधारित Rogue Trooper की कहानी Rogue का अनुसरण करती है, जो आनुवंशिक रूप से विकसित किए गए पैदल सैनिकों (GI) में अंतिम जीवित सदस्य है और ग्रह के घातक वातावरण में जीवित रह सकता है। एक मिशन के दौरान उसकी टुकड़ी के साथ विश्वासघात होने के बाद, Rogue अपने गिरे हुए साथियों—Gunnar, Bagman और Helm—की व्यक्तित्व-स्मृतियाँ संजोए बायोचिप्स को प्राप्त करता है और उन्हें अपनी राइफल, बैकपैक और हेलमेट में स्थापित करता है। इसके बाद वे सभी मिलकर नरसंहार के जिम्मेदार रहस्यमय Traitor General का लगातार पीछा करते हैं। युद्ध से तबाह मोर्चों, दुश्मन के किलों और खतरनाक बंजर इलाकों से गुजरते हुए Rogue एक ऐसे षड्यंत्र का पर्दाफाश करता है जो युद्धभूमि से कहीं आगे तक फैला है। अपने साथियों के प्रति निष्ठा, प्रतिशोध और उनके सम्मान की भावना से प्रेरित उसकी यात्रा अंतहीन युद्ध से घिरी दुनिया में न्याय की एक रोमांचक कहानी बन जाती है।