Rogue Trooper Redux की कहानी ज़हरीले युद्धक्षेत्र Nu-Earth पर आधारित है, जहाँ Rogue, आखिरी जीवित Genetic Infantryman (GI), इस घातक दुनिया में जीवित रहने के लिए बनाया गया है। अपनी टुकड़ी के एक विनाशकारी मिशन के दौरान विश्वासघात का शिकार होने के बाद, Rogue उस रहस्यमय Traitor General की तलाश में निकल पड़ता है जिसने उसके साथियों का संहार किया था। उसके साथ उसके गिरे हुए साथियों की डिजिटल चेतनाएँ रहती हैं, जो उसकी राइफल, बैकपैक और हेलमेट में सुरक्षित हैं, जबकि वह दुश्मनों, घातक खतरों और विशाल युद्ध मशीनों से भरे उजड़े हुए क्षेत्रों में लड़ाई करता है। जैसे-जैसे उसकी यात्रा आगे बढ़ती है, Rogue एक ऐसे षड्यंत्र का पर्दाफाश करता है जो युद्धभूमि से कहीं अधिक गहरा है और उसे निष्ठा, बलिदान और न्याय के कठिन सच का सामना कराता है। अपने साथियों की स्मृति का सम्मान करने के लिए दृढ़ संकल्पित, वह हर बाधा को पार करते हुए बदला लेने और विश्वासघात के पीछे की सच्चाई उजागर करने की राह पर आगे बढ़ता है।