Rogue Trooper Reduxの舞台は、有毒な戦場となったNu-Earthです。主人公のRogueは、この過酷な環境で生き抜くために作られた最後のGenetic Infantryman（GI）として戦い続けます。部隊が壊滅的な任務の最中に裏切られた後、Rogueは仲間を死に追いやった謎のTraitor Generalを追う旅に出ます。道中では、ライフルやバックパック、ヘルメットに保存された戦友たちのデジタル人格と共に、敵兵や危険な戦場、巨大な兵器が待ち受ける荒廃した大地を進みます。やがてRogueは、戦場の裏側に隠された巨大な陰謀を知り、忠誠、犠牲、そして正義に関する厳しい真実と向き合うことになります。仲間たちの思いを胸に、彼は復讐と裏切りの真相を求めて戦い続けます。