События Rogue Trooper Redux разворачиваются на отравленном поле битвы планеты Nu-Earth, где Rogue, последний выживший Genetic Infantryman (GI), созданный для жизни в смертельно опасной среде, продолжает сражаться. После того как его отряд оказывается предан во время провальной операции, Rogue начинает беспощадную охоту на загадочного Traitor General, виновного в гибели его товарищей. Вместе с цифровыми личностями павших соратников, сохранёнными в его винтовке, рюкзаке и шлеме, он проходит через разрушенные земли, наполненные врагами, смертельными опасностями и мощными боевыми машинами. Постепенно Rogue раскрывает масштабный заговор, выходящий далеко за пределы поля боя, и сталкивается с суровой правдой о верности, самопожертвовании и справедливости. Решив почтить память своих товарищей, он продолжает путь сквозь любые испытания, стремясь к мести и раскрытию истины.