Em Rogue Trooper Redux, a história se passa no campo de batalha envenenado de Nu-Earth, onde Rogue, o último Genetic Infantryman (GI) sobrevivente criado para suportar aquele ambiente mortal, continua lutando. Após seu esquadrão ser traído durante uma missão desastrosa, Rogue inicia uma caçada implacável ao misterioso Traitor General, responsável pelo massacre. Ao longo da jornada, ele é acompanhado pelas personalidades digitais de seus companheiros caídos, armazenadas em seu rifle, mochila e capacete, enquanto enfrenta soldados inimigos, máquinas de guerra e inúmeros perigos. Conforme avança, Rogue descobre uma conspiração muito maior do que imaginava, sendo forçado a encarar verdades dolorosas sobre lealdade, sacrifício e justiça. Determinado a honrar a memória de seus companheiros, ele segue em frente contra todas as adversidades em busca de vingança e da verdade por trás da traição.