Ambientado nos campos de batalha tóxicos de Nu-Earth, Rogue Trooper acompanha Rogue, o último soldado de Infantaria Geneticamente Modificada (GI) capaz de sobreviver ao ambiente mortal do planeta. Após sua equipe ser traída durante uma missão, Rogue recupera os biochips contendo as personalidades de seus companheiros caídos—Gunnar, Bagman e Helm—e os instala em seu rifle, mochila e capacete. Juntos, eles iniciam uma perseguição implacável ao misterioso Traitor General, responsável pelo massacre. Enquanto atravessa frentes de batalha devastadas, fortalezas inimigas e terras perigosas, Rogue descobre uma conspiração que vai muito além do campo de batalha. Movido pela lealdade, pela vingança e pelo desejo de honrar seus companheiros, sua jornada se transforma em uma envolvente história de justiça em um mundo consumido por uma guerra interminável.