Действие Rogue Trooper разворачивается на отравленных полях сражений Nu-Earth, где главным героем становится Rogue — последний выживший генетически модифицированный пехотинец (GI), способный существовать в смертельно опасной среде планеты. После предательства во время одной из операций Rogue спасает биочипы с личностями своих погибших товарищей — Gunnar, Bagman и Helm — и устанавливает их в свою винтовку, рюкзак и шлем. Вместе они начинают беспощадную охоту на загадочного Traitor General, виновного в гибели их отряда. Пробираясь через разрушенные линии фронта, вражеские крепости и опасные пустоши, Rogue раскрывает заговор, выходящий далеко за пределы поля боя. Движимый верностью, жаждой мести и стремлением почтить память своих товарищей, он проходит путь, который превращается в захватывающую историю о справедливости в мире, охваченном бесконечной войной.