Dans Rogue Trooper Redux, l'histoire se déroule sur le champ de bataille empoisonné de Nu-Earth, où Rogue, le dernier Genetic Infantryman (GI) survivant conçu pour résister à cet environnement mortel, mène le combat. Après que son escouade est trahie lors d'une mission désastreuse, Rogue se lance dans une traque impitoyable du mystérieux Traitor General, responsable du massacre. Accompagné des personnalités numériques de ses compagnons tombés au combat, stockées dans son fusil, son sac à dos et son casque, il traverse des terres dévastées peuplées de soldats ennemis, de machines de guerre et de dangers mortels. Au fil de son aventure, Rogue découvre une vaste conspiration qui dépasse largement le champ de bataille, l'obligeant à affronter des vérités douloureuses sur la loyauté, le sacrifice et la justice. Déterminé à honorer la mémoire de ses camarades, il poursuit sa quête envers et contre tout pour obtenir vengeance et révéler la vérité.