Rogue Trooper Reduxの舞台は、有毒な戦場となったNu-Earthです。主人公のRogueは、この過酷な環境で生き抜くために作られた最後のGenetic Infantryman（GI）として戦い続けます。部隊が壊滅的な任務の最中に裏切られた後、Rogueは仲間を死に追いやった謎のTraitor Generalを追う旅に出ます。道中では、ライフルやバックパック、ヘルメットに保存された戦友たちのデジタル人格と共に、敵兵や危険な戦場、巨大な兵器が待ち受ける荒廃した大地を進みます。やがてRogueは、戦場の裏側に隠された巨大な陰謀を知り、忠誠、犠牲、そして正義に関する厳しい真実と向き合うことになります。仲間たちの思いを胸に、彼は復讐と裏切りの真相を求めて戦い続けます。

Rogue Trooperは、有毒な戦場が広がるNu-Earthを舞台に、過酷な環境でも生き延びられる遺伝子改良歩兵（GI）の最後の生き残りであるRogueの物語を描きます。任務中に部隊が裏切られた後、Rogueは戦死した仲間であるGunnar、Bagman、Helmの人格が保存されたバイオチップを回収し、それぞれライフル、バックパック、ヘルメットへ組み込みます。彼らは虐殺の黒幕である謎のTraitor Generalを執拗に追跡する旅へと乗り出します。荒廃した前線や敵の要塞、危険な荒野を進む中で、Rogueは戦場をはるかに超える巨大な陰謀を暴いていきます。仲間への忠誠、復讐、そして彼らの名誉を守るという信念に突き動かされた旅は、終わりなき戦争に支配された世界で正義を追い求める壮大な物語となります。