Quake II Enhanced延续了原版 Quake II 的核心剧情，玩家将扮演一名参加 Operation Alien Overlord 的 Marine，肩负阻止入侵地球的残暴机械帝国 Strogg 的任务。在远征部队几乎全军覆没后，Marine 被困在 Strogg 的母星，只能独自穿越军事基地、工业设施和外星城市，与敌人展开殊死搏斗。随着任务不断推进，目标也从单纯求生升级为彻底摧毁 Strogg 的战争机器，包括破坏他们的防御系统、消灭重要指挥官，并瓦解其指挥网络。最终，Marine 将迎来与 Makron——Strogg 至高统治者——的最终决战。Quake II Enhanced 在完整保留这段经典战役的基础上，加入了画面升级、现代化功能以及全部官方扩展内容，为玩家带来最完整的 Strogg 战争体验。