Quake II Enhancedは、オリジナル版Quake IIと同じ物語を描いており、プレイヤーはOperation Alien Overlordに参加するMarineとして、地球へ侵攻した冷酷なサイバネティック帝国Stroggに立ち向かいます。侵攻部隊が壊滅状態となった後、MarineはStroggの母星に取り残され、軍事施設や工業地帯、異星都市を単独で戦い抜いていきます。やがて任務は単なる生存から、Stroggの防衛網を破壊し、主要な司令官を倒し、指揮系統を混乱させることで彼らの戦争機構を崩壊させる重要な作戦へと発展します。そして最後には、Stroggの最高支配者であるMakronとの決戦が待ち受けています。Quake II Enhancedは、この名作キャンペーンにグラフィックの向上や現代的な機能、すべての公式拡張コンテンツを加えた決定版です。