Quake II Enhanced की कहानी मूल Quake II की मुख्य कथा का अनुसरण करती है, जिसमें खिलाड़ी Marine की भूमिका निभाता है, जो Operation Alien Overlord के तहत पृथ्वी पर आक्रमण करने वाले निर्दयी साइबरनेटिक साम्राज्य Strogg को रोकने के मिशन पर भेजा जाता है। आक्रमणकारी सेना के लगभग नष्ट हो जाने के बाद, Marine स्वयं को Strogg की दुनिया पर अकेला पाता है और सैन्य ठिकानों, औद्योगिक परिसरों तथा एलियन शहरों में लड़ते हुए आगे बढ़ता है। धीरे-धीरे उसका उद्देश्य केवल जीवित रहने से आगे बढ़कर Strogg की युद्ध मशीन को नष्ट करने का बन जाता है, जिसमें उनकी रक्षा व्यवस्था को ध्वस्त करना, प्रमुख कमांडरों को समाप्त करना और उनके कमांड नेटवर्क को बाधित करना शामिल है। अंततः यह यात्रा Makron, Strogg के सर्वोच्च शासक, के साथ निर्णायक मुकाबले तक पहुँचती है। Quake II Enhanced इस क्लासिक अभियान को आधुनिक सुविधाओं, बेहतर दृश्य गुणवत्ता और सभी आधिकारिक विस्तारों के साथ सर्वोत्तम रूप में प्रस्तुत करता है।