Quake II Enhanced की कहानी मूल Quake II की मुख्य कथा का अनुसरण करती है, जिसमें खिलाड़ी Marine की भूमिका निभाता है, जो Operation Alien Overlord के तहत पृथ्वी पर आक्रमण करने वाले निर्दयी साइबरनेटिक साम्राज्य Strogg को रोकने के मिशन पर भेजा जाता है। आक्रमणकारी सेना के लगभग नष्ट हो जाने के बाद, Marine स्वयं को Strogg की दुनिया पर अकेला पाता है और सैन्य ठिकानों, औद्योगिक परिसरों तथा एलियन शहरों में लड़ते हुए आगे बढ़ता है। धीरे-धीरे उसका उद्देश्य केवल जीवित रहने से आगे बढ़कर Strogg की युद्ध मशीन को नष्ट करने का बन जाता है, जिसमें उनकी रक्षा व्यवस्था को ध्वस्त करना, प्रमुख कमांडरों को समाप्त करना और उनके कमांड नेटवर्क को बाधित करना शामिल है। अंततः यह यात्रा Makron, Strogg के सर्वोच्च शासक, के साथ निर्णायक मुकाबले तक पहुँचती है। Quake II Enhanced इस क्लासिक अभियान को आधुनिक सुविधाओं, बेहतर दृश्य गुणवत्ता और सभी आधिकारिक विस्तारों के साथ सर्वोत्तम रूप में प्रस्तुत करता है।

Quake Enhanced में आप Ranger की भूमिका निभाते हैं, जो एक अकेला सैनिक है जिसे मानवता के सैन्य अड्डों पर एक प्राचीन और रहस्यमयी शक्ति के हमले के बाद एक खराब टेलीपोर्टेशन प्रणाली के माध्यम से भेजा जाता है। विकृत आयामों में फँसकर उसे भयानक राक्षसों, निर्दयी सैनिकों और Lovecraft से प्रेरित डरावने जीवों का सामना करना पड़ता है, जो दुष्ट सत्ता Shub-Niggurath की सेवा करते हैं। उसकी यात्रा मध्ययुगीन किलों, परित्यक्त दुर्गों, शापित मंदिरों और ऐसे भयावह संसारों से होकर गुजरती है जहाँ वास्तविकता स्वयं टूटी हुई प्रतीत होती है। शक्तिशाली हथियारों के विशाल शस्त्रागार से लैस होकर वह उन जादुई रूनों की खोज करता है जो इस आक्रमण के स्रोत तक पहुँचने की कुंजी हैं। हर नए संसार के साथ दुश्मन की अकल्पनीय शक्ति का सच सामने आता जाता है। अंततः केवल Shub-Niggurath के अपने ही क्षेत्र में उसका सामना करके ही मानवता को इस विनाशकारी दुःस्वप्न से बचाया जा सकता है।

Quake II की घटनाओं के कुछ समय बाद घटित होने वाली Quake 4 में कहानी Matthew Kane की है, जो Rhino Squad का एक अनुभवी मरीन है और Strogg की दुनिया पर मानवता के निर्णायक आक्रमण में भाग लेता है। जैसे-जैसे युद्ध तेज़ होता है, Matthew Kane और उसकी टीम किलेबंद शहरों और औद्योगिक परिसरों से होकर निर्दयी साइबरनेटिक दुश्मनों का सामना करती है। एक विनाशकारी मुठभेड़ के बाद Matthew Kane पकड़ लिया जाता है और Stroggification नामक भयावह प्रक्रिया से गुज़रकर आधा इंसान और आधा Strogg बन जाता है। फिर भी वह अपना मानवीय मस्तिष्क बनाए रखता है और नई शक्तियाँ प्राप्त करता है, जो उसे लड़ाई जारी रखने में मदद करती हैं। मानव आक्रमण की सफलता अब उसी पर निर्भर है, इसलिए वह Strogg साम्राज्य के केंद्र तक पहुँचकर Nexus को नष्ट करने और उनकी युद्ध मशीन को अपंग बनाने का प्रयास करता है। यह जीवित रहने, बलिदान और अपनी मानवता को बचाए रखने की एक रोमांचक यात्रा है।

Quake III Arena की कहानी बहुत संक्षिप्त है और मुख्य रूप से इसके तेज़-रफ्तार युद्धों की पृष्ठभूमि तैयार करती है। अनगिनत आयामों में रहस्यमयी और सर्वशक्तिमान Vadrigar ब्रह्मांड के सबसे महान योद्धाओं को इकट्ठा कर एक विशाल एरीना परिसर में कैद कर देता है। गौरव, जीवित रहने या केवल युद्ध की लालसा से प्रेरित ये योद्धा लगातार डेथमैच और टूर्नामेंट में एक-दूसरे से लड़ते हैं। हर जीत उन्हें और भी शक्तिशाली प्रतिद्वंद्वियों के करीब ले जाती है, जबकि हर हार उनका अंत साबित हो सकती है। युद्धभूमियाँ एलियन दुनिया, प्राचीन मंदिरों, औद्योगिक परिसरों और असंभव प्रतीत होने वाले स्थानों में फैली हुई हैं, जहाँ गति, सटीकता और कौशल की अंतिम परीक्षा होती है। पारंपरिक कहानी के बजाय, खेल एक अनंत प्रतियोगिता पर केंद्रित है, जहाँ केवल सबसे शक्तिशाली योद्धा ही Vadrigar की घातक Arena का सर्वोच्च चैंपियन बन सकता है।

Quake (1996) में आप अनुभवी सैनिक Ranger की भूमिका निभाते हैं, जिसे रहस्यमय Slipgate परियोजना के विफल हो जाने के बाद भेजा जाता है, जिससे Quake नामक एक भयावह शक्ति वास्तविक दुनिया पर आक्रमण कर देती है। आप अंधकारमय मध्ययुगीन किलों, परित्यक्त सैन्य ठिकानों, प्राचीन मंदिरों और विकृत आयामों की यात्रा करते हुए काले जादू और उन्नत तकनीक से उत्पन्न निर्दयी राक्षसों से लड़ते हैं। हर दुनिया एक भयावह साम्राज्य की झलक दिखाती है, जहाँ मानवता विनाश के कगार पर खड़ी है। शक्तिशाली हथियारों के बढ़ते हुए संग्रह के साथ आप घातक जालों, डरावने जीवों और शक्तिशाली बॉसों का सामना करते हैं। जैसे-जैसे यात्रा आगे बढ़ती है, आक्रमण का असली कारण सामने आता है और अंततः आपकी भिड़ंत प्राचीन सत्ता Shub-Niggurath से होती है, जिसकी हार ही आयामी दरार को बंद कर मानवता को बचाने की अंतिम उम्मीद है।