Quake II Enhanced sigue la misma historia principal del Quake II original, poniendo al jugador en el papel de un Marine enviado en la Operation Alien Overlord para detener a los Strogg, un despiadado imperio cibernético que ha invadido la Tierra. Después de que la fuerza de invasión queda casi destruida, el Marine termina aislado en el planeta de los Strogg, donde debe abrirse paso en solitario a través de complejos militares, instalaciones industriales y ciudades alienígenas. A medida que avanza, la misión deja de ser una simple lucha por sobrevivir y se convierte en un esfuerzo decisivo para destruir la maquinaria de guerra de los Strogg, saboteando sus defensas, eliminando a sus comandantes y desestabilizando su red de mando. Finalmente, el camino conduce al enfrentamiento definitivo contra Makron, el gobernante supremo de los Strogg. Quake II Enhanced conserva fielmente esta campaña clásica mientras incorpora mejoras visuales, funciones modernas y todas las expansiones oficiales.

En Quake Enhanced, encarnas a Ranger, un soldado solitario enviado a través de un sistema de teletransporte averiado después de que las bases militares de la humanidad son invadidas por una antigua y misteriosa fuerza. Atrapado entre dimensiones deformadas, deberá enfrentarse a monstruos grotescos, soldados despiadados y aterradoras criaturas inspiradas en Lovecraft, todas al servicio de la malvada entidad Shub-Niggurath. Su viaje lo lleva por castillos medievales, fortalezas abandonadas, templos malditos y reinos donde la propia realidad parece haberse quebrado. Armado con un poderoso arsenal, busca recuperar las runas mágicas que le permitirán llegar al origen de la invasión. Con cada mundo superado, la verdadera magnitud del poder del enemigo se hace más evidente. Finalmente, solo enfrentándose a Shub-Niggurath en su propio reino podrá acabar con la pesadilla y salvar a la humanidad.

Ambientado poco después de los acontecimientos de Quake II, Quake 4 sigue la historia de Matthew Kane, un experimentado marine de la Rhino Squad que participa en el asalto definitivo de la humanidad contra el mundo de los Strogg. A medida que la invasión avanza, Matthew Kane y su escuadrón atraviesan ciudades fortificadas y complejos industriales mientras luchan contra implacables enemigos cibernéticos. Tras un devastador enfrentamiento, Matthew Kane es capturado y sometido a una aterradora transformación conocida como Stroggification, convirtiéndose en un ser mitad humano y mitad Strogg. Aun así, conserva su mente humana y obtiene nuevas habilidades que le permiten continuar la lucha. Con el destino de la invasión en juego, se adentra en el corazón del imperio Strogg para destruir el Nexus y detener su maquinaria de guerra. Su viaje es una historia de supervivencia, sacrificio y de la lucha por conservar su humanidad frente a uno de los enemigos más temibles del universo Quake.

Quake III Arena presenta una historia muy sencilla que sirve principalmente como trasfondo para su intensa acción. A través de incontables dimensiones, la misteriosa y todopoderosa Vadrigar reúne a los mejores guerreros del universo y los encierra en un inmenso complejo de arenas de combate. Impulsados por la gloria, la supervivencia o el simple deseo de luchar, estos campeones participan en interminables enfrentamientos y torneos. Cada victoria los acerca a rivales aún más poderosos, mientras que cada derrota significa la destrucción. Las arenas abarcan mundos alienígenas, templos antiguos, instalaciones industriales y paisajes imposibles, todos diseñados para poner a prueba la velocidad, la precisión y la habilidad. En lugar de una narrativa tradicional, el juego se centra en una competencia eterna donde solo el guerrero más fuerte puede reclamar el título de campeón supremo de la Arena de Vadrigar.

En Quake (1996), controlas al veterano Ranger, enviado a través del misterioso proyecto Slipgate después de que un experimento saliera terriblemente mal, permitiendo que una fuerza aterradora conocida como Quake invadiera la realidad. Recorres oscuros castillos medievales, bases militares abandonadas, antiguos templos y dimensiones corrompidas mientras luchas contra despiadados monstruos creados por magia oscura y tecnología avanzada. Cada mundo revela fragmentos de un reino siniestro dominado por horrores ancestrales, con la humanidad al borde de la extinción. Equipado con un arsenal de armas cada vez más poderoso, superas trampas mortales, criaturas de pesadilla y formidables jefes finales. A medida que avanza la aventura, se descubre el verdadero origen de la invasión, conduciéndote al enfrentamiento definitivo contra Shub-Niggurath, cuya derrota es la única esperanza para sellar la brecha dimensional y devolver la paz.