تتبع Quake II Enhanced القصة الأساسية نفسها للعبة Quake II الأصلية، حيث يتقمص اللاعب دور جندي من قوات Marine يشارك في عملية Operation Alien Overlord لإيقاف Strogg، وهي إمبراطورية سيبرانية شرسة غزت الأرض. وبعد أن تتعرض قوات الغزو لخسائر فادحة، يجد Marine نفسه عالقًا على كوكب Strogg، ويقاتل وحيدًا عبر المجمعات العسكرية والمنشآت الصناعية والمدن الفضائية المعادية. ومع تقدم المهمة، تتحول من مجرد محاولة للبقاء إلى عملية حاسمة لتدمير آلة الحرب الخاصة بـ Strogg عبر تخريب دفاعاتهم، والقضاء على قادتهم، وتعطيل شبكة قيادتهم. وفي النهاية، يقود الطريق إلى مواجهة مصيرية مع Makron، الحاكم الأعلى لـ Strogg. وتحافظ Quake II Enhanced على هذه الحملة الكلاسيكية مع تحسينات بصرية وميزات حديثة وجميع الإضافات الرسمية، لتقدم التجربة الكاملة لمحاربة Strogg.

في Quake Enhanced، تتقمص دور الجندي Ranger، وهو مقاتل وحيد يُرسل عبر نظام انتقال آني معطّل بعد أن اجتاحت قوة غامضة وقديمة القواعد العسكرية للبشرية. يجد نفسه عالقًا بين أبعاد مشوهة، حيث يواجه وحوشًا مرعبة وجنودًا لا يرحمون ومخلوقات كابوسية مستوحاة من أعمال Lovecraft تخدم الكيان الشرير المعروف باسم Shub-Niggurath. تمتد رحلته عبر قلاع من العصور الوسطى، وحصون مهجورة، ومعابد ملعونة، وعوالم مظلمة يبدو فيها الواقع نفسه محطمًا. وباستخدام ترسانة من الأسلحة الفتاكة، يسعى لاستعادة الرونات السحرية التي تمثل المفتاح للوصول إلى مصدر الغزو. ومع كل عالم ينجو منه، تتكشف الحقيقة حول القوة الهائلة التي يمتلكها العدو. وفي النهاية، لا يمكنه إنقاذ البشرية من الفناء إلا بمواجهة Shub-Niggurath في عالمه الخاص ووضع حد لهذا الكابوس.

تدور أحداث Quake 4 بعد فترة قصيرة من نهاية Quake II، حيث يتبع اللاعب قصة Matthew Kane، وهو جندي مخضرم في فرقة Rhino Squad يشارك في الهجوم الحاسم للبشرية على عالم الـ Strogg. ومع احتدام المعارك، يشق Matthew Kane وفريقه طريقهم عبر المدن المحصنة والمجمعات الصناعية وهم يواجهون أعداءً سيبرانيين لا يرحمون. لكن بعد مواجهة مدمرة، يقع Matthew Kane في الأسر ويتعرض لعملية تحويل مرعبة تُعرف باسم Stroggification، فيتحول إلى نصف إنسان ونصف Strogg. ورغم ذلك، يحتفظ بعقله البشري ويكتسب قدرات معززة تساعده على مواصلة القتال. ومع تعلق مصير الغزو بهذه المهمة، يتوغل في قلب إمبراطورية الـ Strogg للقضاء على الـ Nexus وشل آلة الحرب الفضائية. إنها رحلة مليئة بالبقاء والتضحية والسعي لاستعادة إنسانيته في مواجهة أحد أخطر الأعداء في عالم Quake.

تتميز Quake III Arena بقصة بسيطة تشكل خلفية فقط لمعاركها السريعة والمليئة بالإثارة. عبر أبعاد لا حصر لها، يجمع الكيان الغامض والقوي Vadrigar أعظم المحاربين في الكون ويسجنهم داخل مجمع ضخم من الحلبات القتالية. مدفوعين بالمجد أو البقاء أو شهوة القتال، يخوض هؤلاء الأبطال مباريات ومعارك لا تنتهي ضد بعضهم البعض. وكل انتصار يقربهم من خصوم أقوى، بينما تعني الهزيمة الفناء. تمتد ساحات القتال عبر عوالم فضائية، ومعابد قديمة، ومنشآت صناعية، ومناظر مستحيلة، وكلها مصممة لاختبار السرعة والدقة والمهارة. وبدلاً من الاعتماد على قصة تقليدية، يركز اللعب على المنافسة الأبدية حيث لا ينال لقب البطل الأعظم في ساحة Vadrigar الدامية إلا أقوى المقاتلين.

في Quake (1996)، تتقمص دور الجندي المخضرم Ranger الذي يُرسل عبر مشروع Slipgate الغامض بعد أن خرج عن السيطرة، مما سمح لقوة مرعبة تُعرف باسم Quake بغزو الواقع. تسافر عبر قلاع كئيبة، وقواعد عسكرية مهجورة، ومعابد قديمة، وأبعاد مشوهة، وتقاتل وحوشًا لا ترحم وُلدت من السحر المظلم والتكنولوجيا المتقدمة. يكشف كل عالم أجزاءً من مملكة شريرة يحكمها رعب كوني، بينما تقف البشرية على حافة الفناء. وباستخدام ترسانة متزايدة من الأسلحة القوية، تشق طريقك عبر الفخاخ القاتلة والمخلوقات الكابوسية والزعماء الأقوياء. ومع تقدم الرحلة، تتكشف الحقيقة وراء الغزو، لتقودك إلى المواجهة الأخيرة مع الكيان القديم Shub-Niggurath، الذي يمثل القضاء عليه الأمل الوحيد للبشرية لإغلاق الصدع بين الأبعاد واستعادة السلام.