تتبع Quake II Enhanced القصة الأساسية نفسها للعبة Quake II الأصلية، حيث يتقمص اللاعب دور جندي من قوات Marine يشارك في عملية Operation Alien Overlord لإيقاف Strogg، وهي إمبراطورية سيبرانية شرسة غزت الأرض. وبعد أن تتعرض قوات الغزو لخسائر فادحة، يجد Marine نفسه عالقًا على كوكب Strogg، ويقاتل وحيدًا عبر المجمعات العسكرية والمنشآت الصناعية والمدن الفضائية المعادية. ومع تقدم المهمة، تتحول من مجرد محاولة للبقاء إلى عملية حاسمة لتدمير آلة الحرب الخاصة بـ Strogg عبر تخريب دفاعاتهم، والقضاء على قادتهم، وتعطيل شبكة قيادتهم. وفي النهاية، يقود الطريق إلى مواجهة مصيرية مع Makron، الحاكم الأعلى لـ Strogg. وتحافظ Quake II Enhanced على هذه الحملة الكلاسيكية مع تحسينات بصرية وميزات حديثة وجميع الإضافات الرسمية، لتقدم التجربة الكاملة لمحاربة Strogg.