En Quake Enhanced, encarnas a Ranger, un soldado solitario enviado a través de un sistema de teletransporte averiado después de que las bases militares de la humanidad son invadidas por una antigua y misteriosa fuerza. Atrapado entre dimensiones deformadas, deberá enfrentarse a monstruos grotescos, soldados despiadados y aterradoras criaturas inspiradas en Lovecraft, todas al servicio de la malvada entidad Shub-Niggurath. Su viaje lo lleva por castillos medievales, fortalezas abandonadas, templos malditos y reinos donde la propia realidad parece haberse quebrado. Armado con un poderoso arsenal, busca recuperar las runas mágicas que le permitirán llegar al origen de la invasión. Con cada mundo superado, la verdadera magnitud del poder del enemigo se hace más evidente. Finalmente, solo enfrentándose a Shub-Niggurath en su propio reino podrá acabar con la pesadilla y salvar a la humanidad.