Dans Quake Enhanced, vous incarnez Ranger, un soldat solitaire envoyé à travers un système de téléportation défaillant après que les bases militaires de l'humanité ont été envahies par une ancienne force mystérieuse. Pris au piège entre des dimensions déformées, il doit affronter des monstres grotesques, des soldats impitoyables et des créatures cauchemardesques inspirées de Lovecraft, au service de l'entité maléfique Shub-Niggurath. Son voyage le mène à travers des châteaux médiévaux, des forteresses abandonnées, des temples maudits et des royaumes où la réalité elle-même semble s'effondrer. Armé d'un impressionnant arsenal, il cherche à récupérer de mystérieuses runes permettant d'atteindre l'origine de l'invasion. À mesure que chaque monde est traversé, la véritable puissance de l'ennemi se révèle peu à peu. Finalement, seul un affrontement contre Shub-Niggurath dans son propre royaume pourra mettre fin au cauchemar et sauver l'humanité.