Em Quake Enhanced, você assume o papel de Ranger, um soldado solitário enviado por um sistema de teletransporte defeituoso depois que as bases militares da humanidade são dominadas por uma antiga força misteriosa. Preso entre dimensões distorcidas, ele enfrenta monstros grotescos, soldados implacáveis e criaturas aterrorizantes inspiradas em Lovecraft, todas servindo à entidade maligna Shub-Niggurath. Sua jornada passa por castelos medievais, fortalezas abandonadas, templos amaldiçoados e reinos sombrios onde a própria realidade parece estar se desfazendo. Munido de um poderoso arsenal, ele busca recuperar runas mágicas que são a chave para alcançar a origem da invasão. A cada mundo conquistado, a verdadeira dimensão do poder do inimigo se torna mais evidente. No fim, somente enfrentando Shub-Niggurath em seu próprio domínio será possível pôr fim ao pesadelo e salvar a humanidade.