『Metal Gear Solid 4』の数年後、サイボーグ兵士 Raiden は民間警備会社の隊員として働き、暴力に満ちた過去を捨てようとしていました。しかし、民間軍事企業 Desperado Enforcement が利益のために戦争を引き起こそうとすることで、彼の運命は大きく変わります。少年兵や高度なサイボーグ技術、政治的陰謀に関わる計画を知った Raiden は、強大な敵だけでなく自らの内なる闇とも向き合うことになります。仲間たちの支えを受けながら、印象的なライバルや数多くのサイボーグ兵士たちと激しい戦いを繰り広げます。無実の人々を守りたいという思いと、自身の中に眠る「Jack the Ripper」との間で揺れ動く Raiden は、自分がどんな戦士でありたいのかを決断しなければなりません。物語は、爽快なアクションと哲学的なテーマ、そして圧倒的な戦闘演出が融合した、復讐と贖罪の旅を描いています。