Varios años después de los acontecimientos de Metal Gear Solid 4, el soldado cíborg Raiden trabaja como agente de seguridad privada intentando dejar atrás su violento pasado. Su misión cambia por completo cuando la compañía militar privada Desperado Enforcement inicia una despiadada campaña para alimentar guerras con fines de lucro. Al descubrir una conspiración relacionada con niños soldados, tecnología cibernética avanzada y manipulación política, Raiden debe enfrentarse tanto a poderosos enemigos como al lado más oscuro de su propia naturaleza. Con la ayuda de sus aliados, lucha contra rivales inolvidables y ejércitos de soldados cíborg. Dividido entre proteger a los inocentes y el regreso de su identidad como "Jack the Ripper", Raiden deberá decidir qué clase de guerrero desea ser. La historia combina acción frenética, temas filosóficos y combates espectaculares en un inolvidable viaje de venganza y redención.