Plusieurs années après les événements de Metal Gear Solid 4, le soldat cyborg Raiden travaille comme agent de sécurité privé, déterminé à laisser son passé violent derrière lui. Sa mission bascule lorsque la société militaire privée Desperado Enforcement lance une campagne impitoyable visant à alimenter les guerres pour en tirer profit. En découvrant un complot impliquant des enfants soldats, des technologies cybernétiques avancées et des manipulations politiques, Raiden doit affronter de redoutables ennemis ainsi que les ténèbres de sa propre nature. Aidé par ses alliés, il combat des adversaires mémorables et des armées de soldats cybernétiques. Partagé entre son désir de protéger les innocents et le retour de son alter ego "Jack the Ripper", Raiden doit choisir le guerrier qu'il souhaite devenir. L'histoire mêle action effrénée, réflexion philosophique et combats spectaculaires dans une quête inoubliable de vengeance et de rédemption.