بعد عدة سنوات من أحداث Metal Gear Solid 4، يعمل الجندي السايبورغ Raiden كعنصر أمن خاص محاولًا ترك ماضيه العنيف خلفه. لكن مهمته تنقلب رأسًا على عقب عندما تطلق شركة Desperado Enforcement العسكرية الخاصة حملة وحشية لإشعال الحروب وتحقيق الأرباح. ومع كشف Raiden لمؤامرة تشمل تجنيد الأطفال، وتقنيات سايبورغ متطورة، وتلاعبًا سياسيًا واسعًا، يجد نفسه في مواجهة أعداء أقوياء وجوانب مظلمة من شخصيته. وبمساعدة حلفائه، يخوض معارك شرسة ضد خصوم لا يُنسون وجيوش من المقاتلين الآليين. وبين رغبته في حماية الأبرياء وعودة شخصية "Jack the Ripper" الكامنة بداخله، يجب على Raiden أن يحدد أي نوع من المحاربين يريد أن يكون. تمزج القصة بين الأكشن السريع، والأفكار الفلسفية، ومشاهد القتال المبهرة في رحلة لا تُنسى من الانتقام والخلاص.