Prince of Persia: Warrior Within の物語は、The Sands of Time の数年後から始まります。The Prince は、自ら変えてしまった時間の流れを正すために現れた神秘的な守護者 Dahaka に執拗に追われることになります。運命から逃れるため、The Prince は砂が生まれた地である Island of Time へと旅立ちます。そこで彼は、恐るべき戦士や危険な怪物、強敵たちと戦いながら、巨大な要塞に隠された古代の秘密を解き明かしていきます。旅の途中では、頼もしい仲間や真意の読めない敵とも出会います。生き延びるためには、剣術だけでなく時間を操る力も極めなければなりません。数々の選択の先で、彼は運命、犠牲、そして時間に逆らうことの代償に関する衝撃的な真実へとたどり着きます。