L'histoire de Prince of Persia: Warrior Within se déroule plusieurs années après The Sands of Time, alors que The Prince est poursuivi sans relâche par Dahaka, le gardien mystique chargé de rétablir la chronologie qu'il a bouleversée. Déterminé à échapper à son destin, The Prince se rend sur Island of Time, où les Sables ont été créés. Il y affronte de redoutables guerriers, des créatures mortelles et de dangereux ennemis tout en découvrant les secrets d'une immense forteresse. Au cours de son voyage, il rencontre de puissants alliés ainsi que des adversaires aux intentions souvent trompeuses. Pour survivre, il doit maîtriser aussi bien le combat que les pouvoirs du temps. Chaque choix le rapproche d'une vérité bouleversante sur le destin, le sacrifice et les conséquences de défier le temps, dans une aventure plus sombre et plus intense que jamais.