تدور أحداث Prince of Persia: Warrior Within بعد عدة سنوات من أحداث The Sands of Time، حيث يجد The Prince نفسه مطاردًا بلا هوادة من قبل Dahaka، الحارس الأسطوري الذي يسعى إلى تصحيح الخط الزمني الذي غيّره. وإصرارًا منه على الهروب من مصيره المحتوم، يشق The Prince طريقه إلى Island of Time، المكان الذي وُلدت فيه الرمال لأول مرة. هناك يواجه محاربين شرسين، ومخلوقات قاتلة، وأعداءً خطرين، بينما يكشف أسرارًا قديمة مخفية داخل حصنٍ ضخم. وخلال رحلته، يلتقي بحلفاء أقوياء وخصوم غامضين لا تكون نواياهم دائمًا كما تبدو. ومع تقدم الأحداث، يجب عليه إتقان القتال وقدرات التحكم بالزمن للبقاء على قيد الحياة. وكل قرار يقربه من حقيقة صادمة حول القدر والتضحية وعواقب تحدي الزمن، في مغامرة أكثر ظلمة وإثارة من أي وقت مضى.