Prince of Persia: Warrior Within की कहानी The Sands of Time की घटनाओं के कई वर्षों बाद शुरू होती है, जहाँ The Prince का लगातार पीछा Dahaka नामक रहस्यमयी संरक्षक करता है, जिसका उद्देश्य बदली हुई समय-रेखा को फिर से संतुलित करना है। अपने तय भाग्य से बचने के लिए The Prince Island of Time की यात्रा करता है, जहाँ समय की रेत का जन्म हुआ था। वहाँ उसे भयंकर योद्धाओं, घातक प्राणियों और शक्तिशाली शत्रुओं का सामना करना पड़ता है, जबकि वह एक विशाल किले में छिपे प्राचीन रहस्यों का पता लगाता है। अपनी यात्रा के दौरान उसे ऐसे मित्र और दुश्मन मिलते हैं जिनकी असली मंशा हमेशा स्पष्ट नहीं होती। जीवित रहने के लिए उसे युद्ध-कौशल और समय को नियंत्रित करने की शक्तियों में महारत हासिल करनी पड़ती है। हर निर्णय उसे भाग्य, बलिदान और समय को चुनौती देने के परिणामों से जुड़ी एक चौंकाने वाली सच्चाई के और करीब ले जाता है।