A história de Prince of Persia: Warrior Within acontece alguns anos após The Sands of Time, quando The Prince passa a ser caçado incansavelmente por Dahaka, o guardião místico encarregado de restaurar a linha do tempo que ele alterou. Determinado a escapar de seu destino, The Prince viaja até Island of Time, onde as Areias foram criadas. Lá, ele enfrenta guerreiros implacáveis, criaturas mortais e inimigos perigosos enquanto desvenda antigos segredos escondidos em uma enorme fortaleza. Durante sua jornada, encontra aliados poderosos e adversários cujas verdadeiras intenções nem sempre são claras. Para sobreviver, ele precisa dominar tanto o combate quanto os poderes de manipulação do tempo. Cada decisão o aproxima de uma verdade surpreendente sobre destino, sacrifício e as consequências de desafiar o próprio tempo.