События Prince of Persia: Warrior Within разворачиваются спустя несколько лет после The Sands of Time, когда The Prince оказывается безжалостно преследуемым Dahaka — мистическим хранителем, призванным восстановить нарушенный им ход времени. Стремясь избежать своей судьбы, The Prince отправляется на Island of Time, где когда-то были созданы Пески Времени. Там ему предстоит сражаться с беспощадными воинами, смертельно опасными существами и могущественными врагами, одновременно раскрывая древние тайны огромной крепости. Во время путешествия он встречает сильных союзников и загадочных противников, чьи намерения далеко не всегда очевидны. Чтобы выжить, ему необходимо овладеть не только искусством боя, но и способностью управлять временем. Каждый сделанный выбор приближает его к неожиданной истине о судьбе, жертве и последствиях борьбы с самим временем.