La historia de Prince of Persia: Warrior Within transcurre varios años después de The Sands of Time, cuando The Prince es perseguido sin descanso por Dahaka, el guardián místico encargado de restaurar la línea temporal que él alteró. Decidido a escapar de su destino, The Prince viaja hasta Island of Time, el lugar donde se crearon las Arenas del Tiempo. Allí se enfrenta a feroces guerreros, criaturas letales y peligrosos enemigos mientras descubre antiguos secretos ocultos en una inmensa fortaleza. Durante su aventura conoce a poderosos aliados y adversarios cuyas verdaderas intenciones no siempre son evidentes. Para sobrevivir, deberá dominar tanto el combate como las habilidades para manipular el tiempo. Cada decisión lo acerca a una impactante verdad sobre el destino, el sacrificio y las consecuencias de desafiar al propio tiempo.