Prince of Persia: The Two Thronesでは、PrinceはKaileenaとともにバビロンへ戻り、過去の混乱を終わらせてようやく平穏を手に入れようと願っています。しかし故郷は、謎の敵が「時の砂」を手にしたことで、戦争と裏切り、そして破壊に包まれていました。Kaileenaと引き離され捕らえられたPrinceは、世界を作り変えようとする暴君を止めるため、再び過酷な戦いへと身を投じます。砂の呪いによって内なる闇の人格が目覚める中、彼は外敵だけでなく、自分自身の闇とも向き合わなければなりません。機転の利くFarahに導かれながら、荒廃したバビロンを旅し、隠された真実を明らかにし、過去の選択がもたらした結果と対峙します。そして最後に試されるのは敵を倒す力だけでなく、自らの内なる葛藤を乗り越え、バビロンと自らの運命を切り開く強さなのです。