Prince of Persia: The Two Thrones में Prince Kaileena के साथ बाबिलोन लौटता है, यह आशा करते हुए कि वह अपने अतीत की उथल-पुथल को पीछे छोड़कर अंततः शांति पाएगा। लेकिन वहाँ पहुँचकर वह देखता है कि उसका प्रिय राज्य युद्ध, विश्वासघात और विनाश की आग में जल रहा है, क्योंकि एक रहस्यमय शत्रु ने समय की रेत पर कब्ज़ा कर लिया है। Kaileena से बिछड़ने और बंदी बनाए जाने के बाद, Prince एक बार फिर दुनिया को बदलने की चाह रखने वाले अत्याचारी को रोकने की कठिन लड़ाई में उतरता है। जैसे-जैसे रेत का भ्रष्ट प्रभाव उसके भीतर के अंधेरे रूप को जगाता है, उसे बाहरी दुश्मनों के साथ-साथ अपने भीतर बढ़ते अंधकार से भी संघर्ष करना पड़ता है। चतुर Farah के साथ वह तबाह हो चुके बाबिलोन की यात्रा करता है, पुराने रहस्यों को उजागर करता है और अपने पिछले निर्णयों के परिणामों का सामना करता है। अंततः उसकी सबसे बड़ी परीक्षा अपने शत्रुओं को हराने से अधिक अपने भीतर के संघर्ष पर विजय पाने की होती है, ताकि बाबिलोन और अपनी नियति का फैसला कर सके।