Em Prince of Persia: The Two Thrones, Prince retorna à Babilônia ao lado de Kaileena, esperando deixar para trás os erros do passado e finalmente encontrar paz. No entanto, ele encontra seu amado reino devastado pela guerra, traição e destruição depois que um inimigo misterioso toma posse das Areias do Tempo. Capturado e separado de Kaileena, Prince é lançado mais uma vez em uma batalha desesperada para impedir um tirano de remodelar o mundo. À medida que a corrupção das Areias desperta seu lado sombrio, ele precisa enfrentar tanto inimigos poderosos quanto a escuridão crescente dentro de si. Com a ajuda da engenhosa Farah, atravessa a Babilônia em ruínas, revela antigos segredos e encara as consequências de suas escolhas passadas. No fim, seu maior desafio não é apenas derrotar seus adversários, mas dominar seu conflito interior para decidir o destino da Babilônia e o seu próprio.