Dans Prince of Persia: The Two Thrones, Prince revient à Babylone aux côtés de Kaileena, espérant laisser derrière lui les tourments du passé et enfin trouver la paix. À son arrivée, il découvre pourtant son royaume ravagé par la guerre, la trahison et la destruction après qu'un mystérieux ennemi s'est emparé des Sables du Temps. Capturé et séparé de Kaileena, il est une nouvelle fois entraîné dans une lutte désespérée pour empêcher un tyran de remodeler le monde. Alors que la corruption des Sables réveille son sombre alter ego, Prince doit affronter à la fois des ennemis redoutables et les ténèbres qui grandissent en lui. Guidé par l'ingénieuse Farah, il traverse les ruines de Babylone, découvre d'anciens secrets et fait face aux conséquences de ses choix passés. Au final, son plus grand défi n'est pas seulement de vaincre ses adversaires, mais aussi de maîtriser son propre conflit intérieur afin de décider du destin de Babylone et du sien.