В Prince of Persia: The Two Thrones Prince возвращается в Вавилон вместе с Kaileena, надеясь оставить позади ошибки прошлого и наконец обрести покой. Однако он обнаруживает, что его родное царство погружено в войну, предательство и разрушение после того, как загадочный враг завладел Песками Времени. Попав в плен и разлучившись с Kaileena, Prince вновь оказывается втянутым в отчаянную борьбу против тирана, стремящегося изменить мир. По мере того как сила Песков пробуждает его темное альтер эго, ему приходится сражаться не только с опасными врагами, но и с собственной внутренней тьмой. Вместе с находчивой Farah он проходит через разрушенный Вавилон, раскрывает древние тайны и сталкивается с последствиями своих прошлых решений. В конечном итоге его величайшее испытание заключается не только в победе над врагами, но и в преодолении собственного внутреннего конфликта, чтобы определить судьбу Вавилона и самого себя.