En Prince of Persia: The Two Thrones, Prince regresa a Babilonia junto a Kaileena, con la esperanza de dejar atrás los errores del pasado y encontrar por fin la paz. Sin embargo, descubre que su amado reino ha sido consumido por la guerra, la traición y la destrucción después de que un misterioso enemigo se apoderara de las Arenas del Tiempo. Capturado y separado de Kaileena, Prince vuelve a verse envuelto en una lucha desesperada para detener a un tirano decidido a transformar el mundo. Mientras la corrupción de las Arenas despierta su lado más oscuro, deberá enfrentarse tanto a poderosos enemigos como a la oscuridad que crece en su interior. Con la ayuda de la ingeniosa Farah, recorre la devastada Babilonia, descubre antiguos secretos y afronta las consecuencias de sus decisiones pasadas. Al final, su mayor desafío no consiste solo en derrotar a sus enemigos, sino también en dominar su conflicto interno para decidir el destino de Babilonia y el suyo propio.