في Prince of Persia: The Two Thrones، يعود Prince إلى بابل برفقة Kaileena، آملاً أن يترك وراءه فوضى الماضي ويجد أخيرًا السلام. لكنه يفاجأ بأن مملكته الحبيبة قد غرقت في الحرب والخيانة والدمار بعدما استولى عدو غامض على رمال الزمن. وبعد أسره وانفصاله عن Kaileena، يجد نفسه مجددًا في قلب معركة يائسة لإيقاف طاغية يسعى إلى إعادة تشكيل العالم. ومع فساد الرمال الذي يوقظ شخصيته المظلمة، يصبح على Prince أن يقاتل أعداءه ويواجه الظلام المتنامي في داخله. وبمساعدة Farah الذكية، ينطلق في رحلة محفوفة بالمخاطر عبر شوارع بابل المدمرة، كاشفًا أسرارًا دفينة ومواجهًا عواقب قراراته السابقة. وفي النهاية، لا يتمثل تحديه الأكبر في هزيمة أعدائه فحسب، بل في السيطرة على صراعه الداخلي لتحديد مصير بابل ومستقبله.