Desperados III はオリジナル作品の数年前を舞台に、賞金稼ぎの John Cooper が伝説的な仲間たちを集め始める初期の冒険を描いています。過酷なアメリカ西部の辺境を旅する中で、Cooper は Doc McCoy、Kate O'Hara、Hector Mendoza、Isabelle Moreau といった優秀な仲間たちと出会います。彼らは協力して危険な無法者を追跡し、犯罪の陰謀を暴き、無実の人々を脅かす強大な敵に立ち向かいます。旅が進むにつれて、それぞれのミッションではステルス、戦略、そしてチームワークが重要となり、砂漠や湿地帯、開拓地の町、山岳要塞など多彩な場所を巡ります。物語は忠誠心、復讐、友情をテーマにしており、この異色の集団がいかにして西部で最も恐れられ、尊敬されるチームの一つになったのかを描いています。