Se déroulant plusieurs années avant les événements du jeu original, Desperados III raconte les premières aventures du chasseur de primes John Cooper alors qu’il commence à former l’équipe légendaire connue des fans de la série. Parcourant les territoires impitoyables de la frontière américaine, Cooper s’allie à des compagnons talentueux tels que Doc McCoy, Kate O'Hara, Hector Mendoza et Isabelle Moreau. Ensemble, ils traquent de dangereux criminels, dévoilent des complots et affrontent de puissants ennemis menaçant les innocents. Au fil de leur voyage, chaque mission mêle discrétion, stratégie et travail d’équipe, les conduisant à travers déserts, marécages, villes frontalières et forteresses de montagne. L’histoire met l’accent sur la loyauté, la vengeance et l’amitié, montrant comment ce groupe improbable est devenu l’une des bandes les plus redoutées et respectées du Far West.