Ambientado vários anos antes dos acontecimentos do jogo original, Desperados III acompanha as primeiras aventuras do caçador de recompensas John Cooper enquanto ele começa a reunir a lendária equipe conhecida pelos fãs da série. Viajando pelas duras e perigosas fronteiras do Velho Oeste americano, Cooper une forças com aliados habilidosos como Doc McCoy, Kate O'Hara, Hector Mendoza e Isabelle Moreau. Juntos, eles caçam criminosos perigosos, desvendam conspirações e enfrentam inimigos poderosos que ameaçam pessoas inocentes. Ao longo da jornada, cada missão combina furtividade, estratégia e trabalho em equipe, levando o grupo por desertos, pântanos, cidades fronteiriças e fortalezas nas montanhas. A história destaca temas de lealdade, vingança e amizade, mostrando como esse grupo improvável se tornou uma das equipes mais temidas e respeitadas do Velho Oeste.