Действие Desperados III разворачивается за несколько лет до событий оригинальной игры и рассказывает о ранних приключениях охотника за головами John Cooper, который начинает собирать легендарную команду, хорошо знакомую поклонникам серии. Путешествуя по суровым просторам американского фронтира, Cooper объединяется с талантливыми союзниками, такими как Doc McCoy, Kate O'Hara, Hector Mendoza и Isabelle Moreau. Вместе они выслеживают опасных преступников, раскрывают преступные заговоры и противостоят могущественным врагам, угрожающим невинным людям. По мере развития путешествия каждая миссия сочетает скрытность, стратегию и командную работу, проводя героев через пустыни, болота, приграничные городки и горные крепости. История сосредоточена на верности, мести и дружбе, показывая, как эта необычная группа стала одной из самых уважаемых и внушающих страх команд на Диком Западе.