《METAL GEAR SOLID 3: Snake Eater - Master Collection Version》 的故事发生在1964年冷战最激烈的时期，讲述传奇FOX特工 Naked Snake 深入苏联丛林执行秘密任务，营救一位天才科学家，并阻止一场核灾难的发生。随着国际局势日益紧张，Snake 必须在险恶的自然环境中求生，躲避敌方精锐部队，并面对曾经的导师 The Boss，她出人意料的叛逃威胁着世界力量的平衡。在任务过程中，他逐渐揭开背叛、秘密武器以及隐藏阴谋的真相，而这些事件将深刻影响世界的未来。每一场战斗都考验着他的技巧、毅力与忠诚，并最终塑造出历史所铭记的传奇人物 Big Boss。凭借扣人心弦的剧情、经典的潜行玩法以及令人难忘的首领战，本作呈现了整个 Metal Gear 系列中最具代表性的起源故事之一。